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Curt Backeberg describió el género sudamericano en 1938, proviene del latín austro, sur y Cylindropuntia por la similitud guardada con los integrantes del género norteamericano.
Diferencias con Cylindropuntia; La ausencia de vainas en las espinas, crecimiento indefinido de los tallos cilíndricos, diferente estructura de las semillas.
Anderson reconoce 11 especies y Hunt 9.
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Austrocylindropuntia cylindrica (A. L. de Jussieu ex Lamarck) Backeberg 1942
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Austrocylindropuntia floccosa (Salm-Dyck ex Winterfeld) F.Ritter 1981
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Austrocylindropuntia hirschii (Backeberg) E.F.Anderson 1999 , Hunt la considera A. flocossa
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Austrocylindropuntia lagopus (K.Schumann) F.Ritter 1981
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Austrocylindropuntia pachypus (K.Schumann ) Backeberg 1941
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Austrocylindropuntia punta-caillan (Rauh & Backeberg) E.F.Anderson 1999
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Austrocylindropuntia shaferi (Britton & Rose) Backeberg 1951
- Opuntia shaferi Britton & Rose 1919, Cylindropuntia shaferi (Britton & Rose) Backeberg 1936, Maihueniopsis shaferi (Britton & Rose) R. Kiesling 1998
- Opuntia weingartiana Backeberg 1935, Cylindropuntia weingartiana (Backeberg) Backeberg 1935, Austrocylindropuntia weingartiana (Backeberg) Backeberg 1951
- Cylindropuntia humahuacana Backeberg 1936, Austrocylindropuntia humahuacana (Backeberg) Backeberg 1951, Opuntia humahuacana (Backeberg) G.D. Rowley 1958, Maihueniopsis shaferi var. humahuacana (Backeberg) R. Kiesling 1998
- Austrocylindropuntia subulata (Muehlenpfordt) Backeberg 1941
- Pereskia subulata Muehlenpfordt 1845, Opuntia subulata (Muehlenpfordt) Engelmann 1883, Cylindropuntia subulata (Muehlenpfordt) Backeberg 1936, Maihueniopsis subulata (Muehlenpfordt) R. Kiesling 1998
- Opuntia exaltata A. Berger 1912, Cylindropuntia exaltata (A. Berger) Backeberg 1936, Austrocylindropuntia exaltata (A. Berger) Backeberg 1938, Maihueniopsis exaltata (A. Berger) R. Kiesling 1998
- Austrocylindropuntia subulata forma crestata
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Austrocylindropuntia verschaffeltii (Cels ex F.A.C. Weber) Backeberg 1939
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Austrocylindropuntia vestita (Salm-Dyck) Backeberg 1939
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Austrocylindropuntia yanganucensis (Rauh & Backeberg) E.F.Anderson 1999 , Hunt la considera A. flocossa